Le Japon est divisé en 47 préfectures et 1 719 municipalités qui composent le niveau des autorités locales. Les frontières des préfectures, depuis la réforme Meiji, correspondent pour une large part à celles des anciens fiefs, administrés par les Daimyô à l’époque Edo. Jusqu’en 1945, un peu comme les départements français, les préfectures et les municipalités n’étaient que des agents du pouvoir central, chargés de mettre en œuvre les décisions prises par Tokyo. Après 1945 et les premières élections locales organisées le 5 avril 1947, un processus d’autonomisation des autorités locales, destiné à favoriser la démocratisation par la décentralisation, a été mis en place, soutenu par les forces d’occupation américaines. Les gouverneurs sont élus au suffrage universel et les assemblées municipales et préfectorales exercent un pouvoir élargi, responsables des questions de police, d’enseignement secondaire ou de santé. Les grandes villes, et notamment le gouverneur de Tokyo, pèsent d’un poids politique considérable.

Ce processus d’autonomisation a été renforcé en 2000 avec l’adoption d’une loi sur l’autonomie locale, accordant une plus grande indépendance financière aux autorités locales. Toutefois, la chaîne de responsabilité demeure celle des autorités centrales, qui formulent les objectifs politiques vers les autorités locales, chargées de les mettre en œuvre. Sur les sujets les plus sensibles, le poids des autorités locales – qui ont le pouvoir de freiner la mise en œuvre – est toutefois significatif. C’est notamment le cas sur les questions nucléaires, particulièrement depuis la catastrophe de Fukushima. À Okinawa, les gouverneurs successifs, dans un conflit permanent avec Tokyo, s’opposent au déplacement des bases américaines. À Tokyo, Ishihara Shintaro avait pesé sur la question des îles Senkaku (Diaoyu en chinois) en proposant de les acheter pour les intégrer à la municipalité, précipitant la décision du gouvernement central, en 2012, de nationaliser l’archipel1.

En termes de répartition budgétaire, les recettes des autorités locales représentent 43,3 % du total alors que les dépenses locales s’élèvent à 58,4 % du budget national. Les autorités locales sont donc dépendantes des autorités centrales pour une part significative de leurs revenus, particulièrement dans les préfectures les plus pauvres, où les phénomènes de vieillissement et de dépopulation sont les plus accentués.